Pierwsi osadnicy ewangeliccy we Włocławku pochodzili głównie z pobliskich terenów, które już przed rozbiorami wchodziły w skład Królestwa Prus, tj. z takich miast jak Toruń, Bydgoszcz, Grudziądz czy Gdańsk. Niektóre rodziny pochodziły jednak z głębi Niemiec, m.in. Drezna, Hamburga, Poczdamu. W latach 1793–1821 odprawiali oni nabożeństwa we własnych domach, na które zapraszano duchownych z sąsiednich miejscowości. Pomiędzy 1796 a 1797 rokiem odprawiano też dla nich nabożeństwa w nieistniejącej już Katedrze św. Stanisława. Do czasu powstania własnej parafii, ewangelikom udzielano sakramentów w Kościołach katolickich.
Od początków istnienia wspólnoty, organizowano naukę dla młodzieży ewangelickiej. Od 1834 roku parafia posiadała własny gmach szkoły, mieszczący się na rogu ulic Brzeskiej i Piekarskiej.
W 1818 roku gmina ewangelicka wystąpiła do władz Królestwa Kongresowego o zgodę na sprawowanie nabożeństw w XVII-wiecznym, drewnianym kościele św. Wojciecha. Komisja Rządowa Wyznania i Oświecenia Publicznego wydała zgodę 24 czerwca 1820 roku. Ówczesny biskup kujawsko-kaliski Andrzej Wołłowicz również wyraził zgodę i w dniach 17–18 marca 1821 roku zgodził się nieodpłatnie wydzierżawić kościół św. Wojciecha gminie ewangelickiej.