Rozpoczęty przez Ernesta proces rekatolicyzacji hrabstwa został jednak przerwany w wyniku jego śmierci w 1560. Doprowadziło to do zakończenia prześladowań niekatolików i zapoczątkowało rozkwit idei reformacyjnych na tym terenie. Do kościoła w Kłodzku powrócił ks. Eckel, zastąpiony wkrótce przez ks. Eisinga. W 1562 luteranie osiągnęli większość mieszkańców miasta i przejęli kościół farny, który od tej pory pozostawał współużytkowany przez ewangelików oraz nielicznych katolików, co było następstwem zawartej przez nich umowy odnośnie prowadzenia symultanicznych nabożeństw. Końcem XVI wieku Kłodzko pozostawało już prawie całkowicie ewangelickie. Luteraninem był miejscowy starosta von Tubschentz, a w regionie działało ponad 60 parafii ewangelickich. Dokonywano przebudów drewnianych kościołów na murowane oraz wzniesiono 15 nowych. Starosta doprowadził do likwidacji kłodzkiego dekanatu rzymskokatolickiego podległego arcybiskupstwu praskiemu i w 1572 powołał ewangelicką superintendenturę z siedzibą w tym mieście. Stanowisko superintendenta pełnili kolejni proboszczowie kłodzcy, a podlegli im pozostawali seniorzy oraz proboszczowie wchodzących w skład jednostki 81 parafii. Na skutek decyzji o reorganizacji administracji kościelnej na terenie hrabstwa starosta został odwołany przez cesarza.