Znalazły się one wszystkie w 1850 w posiadającym pełną autonomię Wydziale Filozoficznym UJ.

Uzyskanie autonomii przez Galicję oraz wprowadzenie w 1870 języka polskiego jako wykładowego przyciągnęła do Krakowa wielu młodych, utalentowanych przyrodników, którzy przez pracę na Uniwersytecie pragnęli pracować dla kraju.

W końcu XIX w. powstawały kolejne Katedry, a w 1913 usamodzielnił się pierwszy instytut — Instytut Botaniczny. Pięć lat później powstał Instytut Geograficzny. Znaczne zmiany organizacyjne przyniósł dopiero rok 1945, kiedy Wydział Filozoficzny podzielono na dwie części: Wydział Humanistyczny i Wydział Matematyczno-Przyrodniczy.

Historia i struktura Wydziału W obrębie Wydziału Biologii i Nauk o Ziemi UJ przez lata rozwijały się nauki przyrodnicze – biologia, geografia, geologia, nauki o środowisku oraz, później, biologia molekularna. Wydział rozpoczął działalność w 1951 r., co zostało prawnie usankcjonowane na początku 1952 r. Dawne katedry istniejące w ramach Wydziału Matematyczno-Przyrodniczego połączono w Zespoły Katedr, które w późniejszym czasie wyodrębniały się w postaci Instytutów.