31 maja 2011 Rada IPN rekomendowała jego kandydaturę na stanowisko prezesa Instytutu Pamięci Narodowej. 10 czerwca 2011 został powołany przez Sejm RP, a pięć dni później kandydaturę tę poparł Senat RP. 28 czerwca 2011 złożył ślubowanie, rozpoczynając tym samym kadencję. Jego kadencja została skrócona w 2016 na mocy ustawy uchwalonej z inicjatywy Prawa i Sprawiedliwości. Prezesem IPN był do 22 lipca 2016, kiedy to stanowisko to objął Jarosław Szarek.
W listopadzie 2017 został wybrany na prezesa Platformy Europejskiej Pamięci i Sumienia, organizacji non-profit zajmującej się upowszechnianiem wiedzy o totalitaryzmach.
29 kwietnia 2022 Rada Kuratorów Zakładu Narodowego im. Ossolińskich we Wrocławiu przyjęła rezygnację ze stanowiska dyrektora Adolfa Juzwenki i jednomyślnie rekomendowała na tę funkcję Łukasza Kamińskiego, przedstawiając go do nominacji ministrowi kultury i dziedzictwa narodowego Piotrowi Glińskiemu. Stanowisko to objął 1 sierpnia tegoż roku.