Po wystąpieniu w obronie swych uczniów, byłych żołnierzy Armii Krajowej, aresztowanych przez Urząd Bezpieczeństwa, sam został 1 listopada 1946 roku osadzony w więzieniu Montelupich w Krakowie. Oskarżony o działanie na szkodę państwa i kontakty z organizacją Wolność i Niezawisłość, pomimo braku dowodów winy został skazany na dwa lata pozbawienia wolności w zawieszeniu na jeden rok i zwolniony 26 czerwca 1947 rokuTyrała, s. 35.. Pozbawiony stanowiska dyrektora gimnazjum, został przeniesiony na posadę nauczyciela w liceum w Chrzanowie a następnie w Jaworznie. W tym ostatnim mieście przebywał do 1959 roku, ucząc także w szkole więziennej, zaś jako radny Miejskiej Rady Narodowej przyczyniając się do wybudowania nowego budynku liceumTyrała, s. 37..
Zrehabilitowany w 1957 roku, 1 września 1959 roku został mianowany dyrektorem Liceum Ogólnokształcącego w Jabłonce na Orawie. Istniejące od 1951 roku, jest szkołą dwujęzyczną, z polskim i słowackim językiem nauczania. Pius Jabłoński był jego dyrektorem do przejścia na emeryturę w 1970 roku, organizując całokształt pracy dydaktycznej, przyczyniając się do wzrostu poziomu nauczania i wygaszania problemów narodowościowych.