W 1986 został wybrany na członka korespondenta Polskiej Akademii Nauk, a w 1989 na członka Polskiej Akademii Umiejętności. W 1998 został członkiem rzeczywistym PAN.
Był członkiem Komitetu Immunologii PAN oraz członkiem Prezydium International Union of Immunological Societies (1983–1986). W 1989 został wybrany na członka, a później na członka honorowego Polskiego Towarzystwa Immunologicznego. Działał jako członek prezydium (1978–1984) i przewodniczący (1988–1990) Rady Naukowej przy Ministrze Zdrowia i Opieki Społecznej. W latach 1989–1995 był sekretarzem, a później do 2008 wiceprzewodniczącym Wydziału Lekarskiego PAU.
1999–2019: Późna działalność 200px|right|thumb|Włodzimierz Ptak, 2015
thumb|240px|Włodzimierz Ptak w rozmowie z Jerzym Vetulanim, 2016
Był członkiem Rady Redakcyjnej czasopisma „European Journal of Immunology” (1985–2004), a także członkiem Rady Naukowej Instytutu Farmakologii PAN w Krakowie (1994–2018).
Był aktywny na polu dydaktyki. Przez szereg lat prowadził wykłady na Akademii Medycznej w Krakowie, a następnie w Collegium Medicum Uniwersytetu Jagiellońskiego. Wykładał również w Wyższej Szkole Nauk o Zdrowiu w Żyrardowie. Napisał podręcznik dla studentów medycyny Podstawy immunologii (pierwsze wydanie w 1976, późniejsze wznowienia wspólnie z Marią Ptak i Marianem Szczepanikiem: 1987, 1999, 2009, 2017, 2021).