Japońska komisja badająca przyczyny incydentu wystąpiła do ICAO o opracowanie procedury postępowania w przypadku sprzeczności poleceń kontrolera lotów i TCAS, by w przyszłości uniknąć możliwej tragedii. Jednak ICAO nie zbadała głębiej przyczyn incydentu nad zatoką Suruga, jak również nie opracowała żadnych wytycznych dla pilotów, które z poleceń – człowieka czy maszyny – uznać za nadrzędne, a które zignorować. Nastąpiło to dopiero półtora roku później, gdy nad południowymi Niemcami zderzyły się samolot DHL i rosyjski samolot wiozący dzieci na wakacje do Barcelony. Przyczyną tej katastrofy był również błąd kontrolera i fakt, że jeden z pilotów postępował wbrew wskazaniom TCAS, a drugi według tych wskazań. Po tej katastrofie ICAO nakazało, by priorytetowo traktować zawsze wskazania TCAS.
Oboje kontrolerów i kapitan Watanabe stanęli przed sądem pod zarzutem narażenia życia pasażerów obydwu samolotów. Watanabe został uniewinniony, natomiast Hachitani i Momii zostali w marcu 2004 uznani winnymi i ostatecznie 11 kwietnia 2008 roku Hachitani został skazany na rok, a Momii na półtora roku więzienia przez japoński Sąd Najwyższy.