W 1148 Banjas zajęli krzyżowcy. Król Baldwin III Jerozolimski przyznał te ziemie Zakonowi Rycerskiemu Szpitalników. Powstał tutaj niewielki zamek obronny, chroniący granicę i szlak handlowy. Całość tych ziem zajął Saladyn. W pierwszej dekadzie XIII wieku Banjas zniszczyło trzęsienie ziemi.

Okres osmański Podróżnik Buckingham w 1825 odwiedził rejon Banjas i opisał je takimi słowami: „Obecne miasto jest małe, biednie zbudowane, nie posiada miejsca kultu, a mieszkańcy, będący w liczbie około 500, są mahometanami”. W 1870 Banjas została opisana jako niewielka wieś z 350 mieszkańcami.

Mandat Palestyny i współczesność Pod koniec I wojny światowej w 1918 w rejonie Banjas operowały brytyjskie siły wojskowe, dążące do przejęcie kontroli nad wszystkimi źródłami rzeki Jordan. Położone na północy tereny Libanu i Syrii znalazły się pod francuską kontrolą, co sprawiło, że przebieg granicy był niezwykle płynny i trudny do ustalenia. W 1920 Banjas przyznano francuskiemu Mandatowi Syrii i Libanu, a w 1922 wyznaczono linię graniczną, która przebiegała w odległości 750 m na południe od rzeki Banjas.