W czasie wojny w składzie Floty Północnej została sformowana Flotylla Białomorska i Północny Rejon Obrony.
Flota Północna broniła wybrzeża morskiego, współdziałała ze skrzydłami wojsk lądowych, wysadzała desanty morskie, działała na morskich liniach komunikacyjnych nieprzyjaciela, broniła swoich szlaków morskich oraz konwojowała statki transportowe sojuszników.
1941–1943
1944 thumb|240px|Amerykański Douglas SBD Dauntless z lotniskowca USS Ragner podczas nalotu na Bodø
25 lutego na Morzu Barentsa U-990 zatopił brytyjski niszczyciel HMS „Mahratta” podczas ataku U-Bootów na brytyjski konwój JW-57 do Murmańska. Na Atlantyku północnym brytyjskie eskortowce zatopiły niemiecki okręt podwodny U-91. Na północ od Lofotów brytyjskie samoloty zatopiły niemiecki okręt podwodny U-601. 1 kwietnia na południowy zachód od Wyspy Niedźwiedziej brytyjskie eskortowce zatopiły niemiecki okręt podwodny U-355. 3 kwietnia na południowy wschód od Wyspy Niedźwiedziej brytyjskie samoloty z lotniskowca eskortowego „Tracker” zatopiły niemiecki okręt podwodny U-288. 2 maja na południowy wschód od Jan Mayen brytyjskie samoloty z lotniskowca eskortowego „Fencer” zatopiły niemieckie U-booty U-674 i U-959. 16 maja na Morzu Norweskim norweskie samoloty zatopiły niemiecki U-240. 18 maja na Morzu Norweskim norweskie samoloty zatopiły U-241.