Sukcesy Amerykanów w tej wojnie brały się zarówno z umiejętności Stodderta w operowaniu niewielkimi siłami, jak i z inicjatyw podejmowanych przez podległych mu dowódców. Odtworzona United States Navy dobrze wypełniła swe zadanie i powstrzymała napaści francuskich okrętów na amerykańskie statki handlowe.

Stoddert nie ograniczał się jedynie do działalności administracyjnej, ale starał się zapewnić młodej flocie siły na przyszłość. Założył pierwszych sześć stoczni okrętowych i naciskał na zbudowanie dwunastu fregat. Kongres wstępnie zgodził się na budowę sześciu („Naval Act” z roku 1794), ale po podpisaniu porozumienia pokojowego z Francją zmienił zdanie i wstrzymał pracę stoczni po zwodowaniu pierwszych trzech fregat, a ponadto zredukował korpus oficerski floty.

Stoddert stworzył także – zgodnie z zaleceniem prezydenta Adamsa z 31 marca 1800 roku – bibliotekę departamentu.

W cywilu Z urzędu odszedł w marcu 1801 roku i wrócił do handlu, ale nie wiodło mu się: stracił sporo na spekulacji gruntami, Georgetown straciło znaczenie jako centrum