Według stanu na 1936 zbór liczył około 80 ochrzczonych wiernych, nad którymi opiekę duszpasterską sprawował Oskar Niedoba, któremu towarzyszyli Franciszek Cybura i Paweł Król. Zbór wspierał w działalności ewangelizacyjnej mniejsze liczebnie wspólnoty powstałe w Balinie, Husowie, Kalwarii Zebrzydowskiej, Kwaczale, Markowej, Olchawie, Tarnowie i Zakopanem.
W wyniku wpływu miejscowych katolików, w 1939 wynajem kaplicy przy ul. Kazimierza Wielkiego został wymówiony. W chwili tej do zboru należało ponad 80 ochrzczonych. Kolejną siedzibą wspólnoty stały się wówczas pomieszczenia w kamienicy Gostkowskich przy ul. Brackiej 5/16, wynajęte od kobiety wyznającej judaizm.
Okres od II wojny światowej Podczas II wojny światowej nabożeństwa odbywały się jak dotychczas, prowadzono również chrzty oraz zjazdy adwentystyczne. W 1942 Oskar Niedoba wyjechał, wobec czego opiekę nad zborem objął Franciszek Cybura. W 1944 funkcję starszego zboru objął Wojciech Sędzik, sprawując ją do 1946, kiedy objął posadę w zborze w Opolu, a starszym zboru w Krakowie został wówczas Michał Duras, a po nim Józef Rosiecki.