Hohenwerfen pełnił funkcję jednego z głównych punktów obronnych księstwa arcybiskupiego. W zamku stacjonowała załoga, przechowywano uzbrojenie i zapasy, a część pomieszczeń wykorzystywano podczas pobytów arcybiskupów oraz ich dworu.
Wojna chłopska i rozbudowa w XVI wieku
Podczas wojny chłopskiej w 1525 roku zamek został zajęty przez zbuntowanych chłopów i górników. W czasie walk w 1526 roku część zabudowań została zniszczona.
Po stłumieniu powstania arcybiskup Matthäus Lang von Wellenburg rozpoczął odbudowę i wzmacnianie warowni. Powstały zewnętrzne zapory obronne, niewielki bastion, masywna wieża artyleryjska oraz ukryta klatka schodowa.
W latach 60. i 70. XVI wieku za arcybiskupa Johanna Jakoba Kuena von Belasy zamek przebudowano z udziałem włoskich budowniczych. Rozbudowa dostosowała go do wymogów nowożytnej artylerii i nadała mu zasadniczy układ zachowany do czasów współczesnych. Federalny Urząd Ochrony Zabytków datuje główną fazę kształtowania obecnych rozmiarów twierdzy na lata 1563–1583.
W XVII wieku powstały kolejne elementy fortyfikacji i zaplecza, m.in. wieże, cysterny, bramy oraz piekarnia. Dzięki rozbudowanemu systemowi obronnemu zamek nie został zdobyty podczas wojny trzydziestoletniej.
Funkcja więzienna