17 listopada 1918, po przywróceniu autokefalii Gruzińskiego Kościoła Prawosławnego, miała miejsce jego chirotonia na metropolitę Kutaisi. Po upadku Demokratycznej Republiki Gruzji i opanowaniu kraju przez bolszewików nowe władze podjęły prześladowania Gruzińskiego Kościoła Prawosławnego. W lutym 1921 do Kutaisi przewieziono najcenniejsze elementy wyposażenia katedr Sioni i Sweti Cchoweli, by uchronić je przed zniszczeniem. W 1922 władze bolszewickie dowiedziały się o tym fakcie i uwięziły metropolitę Nazariusza pod zarzutami ukrywania kosztowności cerkiewnych oraz agitacji antyradzieckiej. Duchowny przyznał się do ukrywania cennych przedmiotów i stwierdził, iż przechowywał je dla całego narodu gruzińskiego. Został skazany na rozstrzelanie, jednak wyrok zamieniono na karę więzienia i konfiskatę majątku. W więzieniu przebywał do 1924, gdy został zwolniony na mocy amnestii. Wrócił następnie do Kutaisi i zamieszkał w domu brata (rezydencja biskupia została zamieniona w magazyn). 27 sierpnia 1924 do hierarchy przybyli wierni ze wsi Simoneti, prosząc go o udanie się do wsi i poświęcenie miejscowej cerkwi.