zamieszkiwało około 137 750 wiernych.
Wraz z utworzeniem Niemieckiego Kościoła Ewangelickiego 14 lipca 1933 r., jednoczącego wszystkie niemieckie protestanckie kościoły regionalne pod rządami nazistowskimi i doktryną Niemieckich Chrześcijan, członkowie konsystorza z Kłajpedy zgodzili się na dalszą współpracę z niemieckim kościołem w ramach nowej federacji, podczas gdy litewski rząd centralny odmówił miejscowym protestantom przyłączenia się do nowej formacji religijnej. Rząd republiki wątpił w dalszą ważność umowy pomiędzy kościołami z 1925 r., uznając, że Ewangelicki Kościół Unii Staropruskiej zmienił swoją tożsamość prawną. Jednak 26 sierpnia 1933 r. kościół pruski zapewnił, że działa w dalszym ciągu bez zmian, a rząd powstrzymał się od anulowania umowy.
W 1934 r. gubernator, mianowany w Okręgu Kłajpedy przez rząd centralny, wydalił dziewięciu księży mających niemieckie obywatelstwo, co spowodowało protesty rządu III Rzeszy. Po 1935 r. Litwa zdała sobie sprawę z rosnącej mocy władz nazistowskich i nie powodowała kontrowersji w sprawie Okręgu Kłajpedy.