Nie zapobiegło to jednak zdobyciu przez Al-Basasiriego w dniu 27 grudnia 1058 roku Bagdadu, i uwięzieniu przez niego Al-Kaima, czemu Tughril nie mógł zapobiec, był bowiem zajęty tłumieniem buntu wznieconego wśród Seldżuków przez Inala. W Bagdadzie modlono się według rytu szyickiego. Dopiero po stłumieniu buntu Inala, jesienią 1059 roku Tughril wyruszył do Iraku i pokonał Al-Basasiriego, który zginął 14 stycznia 1060 roku. Bagdad teoretycznie był znowu w rękach Abbasydów, ale Tughril pozostawił w nim swój garnizon i wojskowego zarządcę, który kontrolował dwór kalifa. W dodatku seldżucki sułtan zmusił Al-Kaima do oddania mu za żonę swojej córki, ale kilka miesięcy po ślubie, 4 września 1063 roku, zmarł.

Alp Arslan Do schedy po Tughrilu kandydowali dwaj synowie zmarłego w 1060 roku Czaghri Bega, Sulejman i Alp Arslan. Alp Arslan był w lepszej pozycji, ponieważ miał już doświadczenie wojenne i zarządzał ważną prowincją Chorasanu, tak że Sulejman ostatecznie ustąpił. Nie znaczy to jednak, że przejęcie władzy przez nowego sułtana przebiegło bezkonfliktowo. Już w roku 1064 musiał on stłumić bunt swojego kuzyna, Kutulmisza, który jako najstarszy żyjący członek rodu Seldżuków kwestionował jego władzę, co przypłacił życiem.