Dopiero w 1704 najmniej zniszczoną część wyremontował Jan Karel z Valdštejna (m.in. prezbiterium), a generalny remont przeprowadził w latach 1725–1731 czeski architekt František Maxmilian Kaňka. Obiekt odzyskał swoją sakralną funkcję, przyjmując jednocześnie wezwanie św. Prokopa, przy okazji dobudowano dwie wieże w stylu barokowym. Podobnie barokowy wygląd uzyskało sklepienie w głównej nawie (gotyckie zostało zniszczone podczas walk w XV wieku).
W latach 1924–1935 odbyła się kolejna renowacja wnętrza pod kierunkiem Kamila Hilberta – m.in. do wnętrza wstawiono wówczas neogotycki ołtarz poświęcony św. Wojciechowi. W 1956 zakończono odbudowę południowej kaplicy z apsydą.
Do bazyliki przylegają zabudowania dawnego klasztoru, który po zniszczeniach w XV wieku przeszedł w świeckie ręce i został przebudowany na pałacową rezydencję (ostatni mnisi opuścili miasto w 1525). Aż do 1945 jego właścicielami byli , a obecnie mieści Muzeum Wysoczyny. Znajdują się tutaj także pozostałości murów obronnych, otaczających klasztor.