Ówczesny przywódca HSS, Zlatko Tomčić, stał w tym okresie na czele parlamentu, a w lutym 2000 przez kilkanaście dni pełnił z racji tej funkcji obowiązki prezydenta kraju. W 2008 Chorwacka Partia Chłopska ponownie weszła w skład koalicji rządzącej, wprowadzając swoich ministrów do gabinetu Iva Sanadera i następnie do rządu Jadranki Kosor.
W 2014 wiceprzewodnicząca HSS Marijana Petir z listy koalicyjnej powstałej wokół Chorwackiej Wspólnoty Demokratycznej uzyskała mandat posłanki do Parlamentu Europejskiego VIII kadencji. Chorwacka Partia Chłopska pozostała następnie w ramach centroprawicowej Koalicji Patriotycznej, jednak w 2016 nawiązała współpracę z Socjaldemokratyczną Partią Chorwacji. Współpraca wyborcza z lewicą pozwoliła wówczas na zwiększenie reprezentacji parlamentarnej HSS, jednocześnie doprowadziła do konfliktów w partii (z partii odszedł m.in. były przewodniczący Branko Hrg). Porozumienie z socjaldemokratami odnowiono również na potrzeby wyborów w 2020 i 2024. W 2026 HSS powróciła do współpracy z HDZ.