W listopadzie 2013 w wyborach nowego metropolity warneńskiego 30 delegatów duchowieństwa i świeckich początkowo dokonywało wyboru pomiędzy biskupem agatonijskim Borysem oraz biskupem prowackim Ignacym. Wybór pierwszego z kandydatów spotkał się z protestami wiernych, elektorom zarzucono przekupstwoКлирики и миряне не согласны с результатами выборов в Болгарской Православной Церкви. Wybory zostały unieważnione przez Święty Synod Bułgarskiego Kościoła Prawosławnego, a patriarcha Neofit osobiście odwiedził Warnę. Wbrew żądaniom uczestników protestu z listy kandydatów nie usunięto biskupa Borysa, którego manifestanci oskarżali o wszelkie nieprawidłowości w czasie wyborówЕпархиальные выборы в Варне признаны недействительными, но верующие требуют пересмотреть список кандидатов. Ostatecznie nowego metropolitę warneńskiego wskazał 22 grudnia 2012 w głosowaniu Święty Synod Bułgarskiego Kościoła Prawosławnego, wybierając dotychczasowego biskupa znepolskiego Jana.
Metropolia dzieli się na pięć dekanatów: warneński, dobricki, prowadijski, szumeński i tyrgowiszteński.