6 kwietnia 1941 roku państwa Osi zaatakowały Jugosławię, która skapitulowała po dwunastu dniach walk, i utworzyły marionetkowe Niepodległe Państwo Chorwackie, które Stepinac początkowo poparł. Nowy reżim, na czele którego stanął poglavnik Ante Pavelić, deklarował wierność religii katolickiej i prowadził politykę eksterminacji mniejszości w celu stworzenia państwa jednolitego religijnie. Ante Pavelić otrzymał błogosławieństwo od Stepinaca, później rozczarowanego nowym reżimemBalkan Strongmen: Dictators and Authoritarian Rulers of South Eastern Europe – Google Książki. 16 kwietnia 1941 roku Stepinac złożył wizytę Paveliciowi, zapisując po niej w dzienniku, że nowy przywódca „nie będzie tolerował Cerkwi prawosławnej”. Na tej podstawie arcybiskup ocenił, że poglavnik jest „szczerym katolikiem”Carlo Falconi, Silence of Pius XII, Faber 1970, s. 308.. Równie lojalnej współpracy z ustaszami Stepinac wymagał od episkopatuViktor Novak, Principium et Finis – Veritas, w Review of International Affairs 1951, t. 2.. 28 kwietnia 1941 roku Stepinac napisał do duchowieństwa swej diecezji: