Bar Hebraeus podaje w swoim Chronicon EcclesiasticumBar Hebraeus, Chronicon Ecclesiasticum (edycja Jean-Baptiste Abbeloos i Thomas Josephus Lamy), I, 195, iż Jan został obrany biskupem Konstantynopola po śmierci Antyma I, ale jest to najprawdopodobniej błędna informacja, której inne źródła temu przeczą.
Jako zaufany cesarza został w 542 roku wysyłany na akcje misyjną, skierowaną do pozostających przy pogaństwie mieszkańców Azji Mniejszej. Z zapisków samego Jana wynika, iż w jej trakcie miał ochrzcić około 70 000 pogan. Nadzorował również budowę monasteru w Tralles (współczesne Aydın) i więcej niż 90 innych, które tworzono w zabieranych poganom świątyniach. Był jednym z propagatorów misji chrześcijańskich do Nubii. Sam nigdy nie udał się na tamte tereny, ale w swoich dziełach pozostawił interesujące opisy ich przebiegu i trudności, na jakie natykali się wysyłani przez niego misjonarzeJan z Efezu, The third part of The ecclesiastical history, Oxford, 1860, s. 319. W 558 roku został wyświęcony na monofizyckiego biskupa Efezu przez Jakuba Baradeusza.