Parowozownia została poważnie naruszona we wrześniu 1939 roku w wyniku bombardowań wojsk niemieckich. Bomby uszkodziły dach obiektu oraz pierwsze 4 stanowiska z 1875 roku wraz z dobudówką. Po zajęciu Gniezna przez Niemców parowozownię poddano gruntownemu remontowi i szybko przywrócono do pracy. W latach 40. XX w. podjęto szeroko zakrojoną rozbudowę stacji w Gnieźnie, w ramach której w parowozowni powstały: 14 stanowisk zachodniej hali wachlarzowej wraz z kominem wentylacyjnym; portiernia ze stołówką; kotłownia centralnego ogrzewania (wraz ze specjalnym torem umożliwiającym dowiezienie węgla); elektrownia spalinowa z rozdzielnią i trafostacją; dyspozytornia lokomotywowni (zaprojektowana została indywidualnie dla Gniezna); magazyn materiałowy i olejowy wagonowni; zespół ciągu technicznego obrządzania parowozów z zasiekami węglowymi i żurawiami; warsztaty wagonowe; warsztaty mechaniczne; halę suwnicMiron Urbaniak – Zabytkowa stacja kolejowa Gniezno – od kolei Górnośląskiej do programu "OTTO", wyd. Dom Wydawniczy Księży Młyn – 2010.