Na nowym stanowisku zastosował opracowane przez siebie innowacje, wzmacniające konstrukcje remontowanych okrętów: okrągłe dziobnice, zastosowane po raz pierwszy na „strzyżonym” liniowcu „Namur” oraz kratownicowy system wiązań na remontowanym liniowcu „Kent”. W 1806 roku otrzymał zgodę Urzędu Marynarki na częściowe wyposażenie w diagonalne wiązania nowego liniowca „Warspite”, budowanego w Chatham według projektu Johna Henslowa. W 1811 roku zakończono remont 74-działowego liniowca „Tremendous”, który jako pierwszy został kompleksowo wyposażony w kratownicowe wiązania kadłuba. Całość koncepcji Seppingsa polegała na zastosowaniu kratownicowych żeber skośnych, całkowitemu wypełnieniu dna pomiędzy wręgami, użyciu masywnych wzdłużników pokładowych oraz diagonalnych klepek pokładów i więźb burt. System ten pozwalał na wydatną poprawę wytrzymałości konstrukcji, przy znacznie mniejszym niż wcześniejsze rozwiązania zużyciu drewna. Dzięki temu stało się możliwe budowanie większych i dłuższych okrętów.