Skomplikowało to stosunki z dowództwem niemieckim i ograniczyło napływ ochotników do Armii Ochotniczej z kontrolowanych przez wojska niemieckie terenów Ukrainy i Krymu. Po śmierci generała Michaiła Aleksiejewa (8 października 1918) pozostał jedynym dowódcą Armii Ochotniczej, jednocząc w swoich rękach władzę wojskową i cywilną. W drugiej połowie 1918 Armia Ochotnicza pod jego komenda pokonała wojska Północnokaukaskiej Republiki Radzieckiej i zajęła całą zachodnią część Kaukazu Północnego.
W styczniu 1919 stanął na czele Sił Zbrojnych Południa Rosji. Siedzibę dowództwa przeniósł do Taganrogu. Wojska Denikina otrzymały duże ilości dostaw broni, sprzętu i amunicji od EntentyЛидер белого Юга России генерал А. И. Деникин. W marcu 1919 rozpoczął operację wojskową mającą na celu zajęcie Donbasu. Siły Denikina wkroczyły do Charkowa, Jekaterynosława i Carycyna. W lipcu 1919 Włodzimierz Lenin, zaniepokojony sukcesami wojsk białych, wydał deklarację wzywającą do walki wszystkich sił z Denikinem.