W czasie powstania styczniowego w 1863 roku w okolicy Konina miało miejsce kilka potyczek i bitew. 5 listopada 1863 roku w Koninie Rosjanie rozstrzelali Zygmunta Waryłkiewicza, a 19 lipca 1864 roku stracili o. Maksymiliana Tarejwę. Po powstaniu miasto zostało objęte represjami władz rosyjskich, a w samym Koninie ulokowano 13 Pułk Kargopolski.
Następne lata były pomyślne dla rozwoju Konina. W 1874 roku rozpoczęła swoją działalność straż ogniowa. W 1905 uruchomiona została miejska centrala telefoniczna, a 18 lipca 1906 roku Konin uzyskał międzymiastowe połączenie telefoniczne z Kaliszem. W 1908 roku powstał oddział Kaliskiego Towarzystwa Wioślarskiego. Zabudowa sięgała wówczas poza średniowieczne granice. Rozrastały się przedmieścia: Kaliskie, Kolskie i Słupeckie. Trwał proces brukowania ulic, a od 1916 (rok wybudowania elektrowni miejskiej) elektryfikacji miasta. W 1907 roku Konin powiększył się o pobliską Groblę Czarnkowską, na terenie której znajdowała się fabryka i pałac Edwarda Reymonda.