Służba thumb|left|„Santa Cruz” i „San Juan” w Mar del Plata w 2007 r. 18 października 1984 roku dokonano odbioru technicznego pierwszego okrętu, po którym udał się w rejs do kraju, przebywając 6900 Mm w zanurzeniu. 14 grudnia 1984 roku jednostkę pod nazwą ARA „Santa Cruz” przyjęto do służby w Armada de la República Argentina. Drugą jednostkę pod nazwą ARA „San Juan” przyjęto do służby 19 listopada 1985 roku. Początkowo okręty otrzymały numery taktyczne S-33 i S-34, zmienione następnie na S-41 i S-42.
W latach 1999–2001 „Santa Cruz” przeszedł kapitalny remont w brazylijskiej stoczni w Rio de Janeiro, obejmujący m.in. wymianę silników, baterii akumulatorów i wyposażenia elektronicznego. Kolejny remont kapitalny został przeprowadzony w latach 2005–2007 w krajowej stoczni w Buenos Aires. Również „San Juan” przeszedł w latach 2007–2014 w stoczni Astilleros Domecq García remont kapitalny i modernizację, obejmującą m.in. wymianę silników, akumulatorów, peryskopów i chrap.