W kolejnym roku Amerykanin reprezentował fabryczną ekipę Suzuki, w której partnerem Johna był mistrz świata z sezonu 2000, Kenny Roberts Jr. Nie był to jednak udany sezon dla Hopkinsa. W wyniku szybkiej degradacji opon, spowodowanej nieudaną konstrukcją zawieszenia, "Hooper" tylko w jednym wyścigu dojechał w pierwszej dziesiątce (w GP Hiszpanii był siódmy). Kłopoty z zawieszeniem uniemożliwiły mu również start w wyścigu o GP Malezji. Podobnie, jak w zeszłym sezonie, John nie wystartował w jednej rundzie (w Brazylii). Tym razem jednak został zawieszony, za spowodowanie wypadku Lorisa Capirossiego podczas GP Japonii, na torze Motegi. W klasyfikacji generalnej uplasował się na 17. pozycji, z dorobkiem większym, aniżeli swój rodak.
Drugi sezon współpracy z japońską stajnią okazał się lepszy dla Amerykanina. Zespół poczynił znaczne postępy w kwestii sterowności motocykla, co było widoczne zwłaszcza pod koniec roku. Dowodem tego był m.in. start Johna z pierwszego rzędu podczas GP Japonii. Nie ukończył jednak wyścigu, będąc wyeliminowanym przez Lorisa, z którym postąpił tak samo w zeszłym roku. W wyniku lekkiego urazu odniesionego podczas GP Francji, nie wystartował we włoskiej rundzie na torze Mugello. Najwyższą pozycję uzyskał w GP Portugalii, w którym zajął szóstą lokatę. W klasyfikacji końcowej znalazł się na 16.