Rok 2007 był najlepszym w karierze Amerykanina. Zmiana motocykli na 800 cm³ była dla Hopkinsa korzystna, a wielu zawodników, jak np. jego rodak Colin Edwards, widział w nim "czarnego konia" mistrzostw. Podczas przedsezonowych testów 15 lutego Amerykanin miał jednak wypadek, w wyniku którego złamał nadgarstek. Była obawa o udział "Hoopera" w początkowej fazie zmagań, ale na szczęście John zdołał wyleczyć kontuzję. W trakcie rywalizacji Hopkins czterokrotnie stanął na podium, po raz pierwszy w GP Chin. Ukończył wszystkie wyścigi, nie dojeżdżając tylko we dwóch w czołowej dziesiątce. Równa i konsekwentna jazda zaowocowała 4. pozycją w końcowej klasyfikacji, z dorobkiem blisko dwustu punktów. Jednocześnie pokonał swojego partnera z Australii Chrisa Vermeulena.
Pomimo udanego sezonu, John odszedł z zespołu, podpisując kontrakt z inną fabryczną ekipą - Kawasaki. Był to zdecydowanie słabszy sezon dla Hopkinsa, który w zaledwie czterech wyścigach dojechał do mety w pierwszej dziesiątce. Najlepsze miejsce uzyskał w GP Portugalii, w którym zajął piąte miejsce. W GP Holandii John odniósł kontuzję, w wyniku której nie był w stanie wziąć udziału w kolejnych dwóch wyścigach. Ostatecznie zmagania zakończył na 16. lokacie.