W 1442 uczestniczył w najeździe na należący do Jana Jiskry Preszów. W wyniku tego najazdu został wzięty przez Jiskrę do niewoli. Najpóźniej po 2 latach był już wolny; w 1444 pojawia się jako jeden z sygnatariuszy traktatu pomiędzy przedstawicielami Królestwa Polskiego a Jiskrą – być może na mocy tegoż traktatu odzyskał wolność. W dalszym ciągu wojował z Jiskrą w latach 40., biorąc udział m.in. w najeździe na Bańską Bystrzycę w 1447. Pod koniec lat 40. poróżnił się z biskupem Oleśnickim, którego do tej pory był wiernym stronnikiem. Wówczas pogodził się i sprzymierzył z Jiskrą. W walkach stronnictw o tron węgierski poparł Jiskrę przeciw Janowi Hunyadyemu.
W latach 50. utracił Spisz na rzecz Jana Głowacza. Regularnie urządzał napady i grabieże ziem swoich przeciwników politycznych. Postanowieniem sejmu węgierskiego obradującego w Bratysławie w latach 1452–1453 Komorowski wraz z bratem Piotrem uznani zostali za banitów. Po krótkim czasie jednak stosunki braci z Koroną Węgierską poprawiły się.