BTN należy do towarzystw typu regionalnego: zrzesza ono w większości osoby związane z regionem bydgoskim poprzez zamieszkanie i pracę na tym obszarze oraz przez zainteresowania naukowe związane z geografią jego działalności. Od początku swego istnienia stanowi jedną z najważniejszych form aktywności lokalnej społeczności uczonych. Jest jednym z trzech – obok Towarzystwa Naukowego w Toruniu i Włocławskiego Towarzystwa Naukowego – regionalnych stowarzyszeń naukowych na terenie województwa kujawsko-pomorskiego.
Podstawowe zadania statutowe inicjowanie, popieranie i rozwijanie badań naukowych, w szczególności wiążących się w jakikolwiek sposób z Bydgoszczą i regionem kujawsko-pomorskim; pobudzanie i kultywowanie życia naukowego w Bydgoszczy; opracowywanie i upowszechnianie nowoczesnych metod naukowych; organizowanie odczytów, wykładów i konferencji, sesji, wystaw i pokazów popularyzujących naukę.
Towarzystwo opiera swoją działalność głównie na społecznej pracy członków i honorowym pełnieniu funkcji w jego władzach. Członkowie Towarzystwa dzielą się na członków czynnych, honorowych i wspierających.