W ramach misji na rzecz rozwoju społeczno-kulturowego Bydgoszczy, BTN od początku swojej działalności sprawowało patronat nad wartościowymi pracami naukowymi, których tematyka była związana z regionem. Do 1980 r. wydano około 250 publikacji o łącznym nakładzie ponad 150 tys. egzemplarzy. Dla tej działalności istotne znaczenie miały interdyscyplinarne konferencje naukowe, których dorobek był cyklicznie publikowany.
Na szczególną uwagę zasługiwały również liczne inicjatywy historyczno-kulturologiczne w ramach Regionalnej Pracowni Naukowo-Badawczej (założonej w 1963 r.) Podejmowano m.in. próby opracowania szeregu prac zbiorowych dotyczących dziejów Bydgoszczy i innych miast województwa oraz publikowano badania rozwoju infrastruktury gospodarczej i społeczno-kulturowej Bydgoszczy. Zbierano i wydawano również tomy materiałów źródłowych dla prowadzenia dalszych, szczegółowych badań.
Po okresie świetności w latach 70. XX w., kiedy BTN było jednym z najprężniej rozwijających się stowarzyszeń tego typu w kraju, nastąpił okres kryzysowy w latach 90. Towarzystwo utraciło wówczas obiekty przy ul. Jezuickiej 2 i 4, Regionalną Pracownię Naukowo-Badawczą oraz bibliotekę. W wyniku usilnych zabiegów udało się utrzymać siedzibę BTN w lokalu przy ul.