Sheng Yen przekazał pozwolenie nauczania kilku swoim świeckim uczniom na Zachodzie, między innymi Johnowi Crookowi, który następnie wraz z Simonem Childem, Maxem Kalinem i Zarko Andriceviciem założyli organizację Stowarzyszenie Zachodniego Chanhttps://web.archive.org/web/20190212092042/https://www.westernchanfellowship.org/. W ostatnich latach swojego życia mimo kłopotów zdrowotnych Sheng Yen aktywnie prowadził wykłady i odosobnienia na Tajwanie. Odmówił przeszczepu nerki, twierdząc, że nie oczekuje długiego życia i woli raczej dać szansę przeszczepu komuś, kto tego potrzebuje bardziej.
Śmierć Sheng Yen zmarł z powodu niewydolności nerek 3 lutego 2009 roku podczas powrotu ze szpitala National Taiwan University Hospital w Tajpej. W zgodzie z zasadami liczenia lat (East Asian age reckoning) organizacja Dharma Drum Mountain potwierdza, że Mistrz Sheng Yen zmarł w wieku 80 lat. Według kalendarza zachodniego przyjmuje się, że Sheng Yen żył 79 lat. Zmarłemu hołd złożyli prezydent Tajwanu Ma Ying-jeou i jego zastępca Vincent Siew, przewodnicząca DPP Tsai Ing-wen, aktor, trener i mistrz Wushu Jet Li oraz aktorka Brigitte Lin.