26 czerwca Hiszpan podpisał kontrakt z debiutującą fabryczną ekipą BMW, na starty w sezonie 2009. Rezultaty na nowym motocyklu nie były jednak najlepszy. Xaus pięciokrotnie znalazł się w pierwszej dziesiątce, a najlepszą lokatę uzyskał w pierwszy wyścigu na Monzie, który ukończył na siódmym miejscu. Podczas rundy w Czechach Ruben odniósł kontuzję, w wyniku której nie wziął udziału w eliminacji na Nürbrugringu. Zdobyte punkty sklasyfikowały go na odległej 17. lokacie.
W drugim sezonie współpracy z bawarską stajnią, Xaus zapunktował w większej ilości wyścigów, dzięki czemu uzbierał blisko sto punktów. Ośmiokrotnie dojechał w czołowej dziesiątce, a najlepszą pozycję uzyskał w pierwszy podejściu na czeskim Masaryk Circuit, gdzie znalazł się na piątej lokacie. W klasyfikacji ogólnej uplasował się na 15. miejscu. Po zakończeniu rywalizacji odszedł z niemieckiej stajni, w której partnerował mu Australijczyk Troy Corser. W obu sezonach były mistrz świata zostawił w pokonanym polu reprezentanta Hiszpanii.
W 2011 roku w Ruben reprezentuje fabryczną ekipę Castrol Honda, a jego team-partnerem jest Brytyjczyk Jonathan Rea.