Na mocy tego wyroku Polay został przetransportowany do więzienia specjalnego nadzoru w bazie marynarki wojennej w Callao.
W 2003 trybunał konstytucyjny Peru uznał, że skazanie Polaya było sprzeczne z konstytucją i polecił ponownie rozpatrzyć jego sprawę przed sądem cywilnym. Nowy proces zakończył się w marcu 2006 wyrokiem skazującym lidera MRTA na 32 lata więzienia. Został on uznany za winnego ok. 30 przestępstw popełnionych w latach 80. i 90. XX wieku.
W czerwcu 2011 grupa polityków urugwajskich, byłych działaczy partyzantki Tupamaros, wystosowała list do prezydenta elekta Peru, Ollanty Humali, z prośbą o „bardziej humanitarne” traktowanie Polaya i innych byłych członków MRTA odbywających kary pozbawienia wolności. Zdaniem autorów listu należy dokonać rozgraniczenia między terroryzmem uprawianym przez konkurencyjną wobec RMTA organizację Świetlisty Szlak, a „powstaniem zbrojnym”, jakie przeprowadził Ruch Rewolucyjny im. Tupaca Amaru. Podnieśli oni również fakt, iż Polay wyraził skruchę z powodu strat, jakie wyrządziły działania jego organizacji.