Jeszcze do lat 70. XX w. na obszarze pustyni rosła endemiczna roślina – warzucha polska, niewystępująca w innym miejscu Polski. Rosła w źródliskowym odcinku Białej Przemszy, gdyż wymaga źródlanej, zimnej i czystej wody oraz piaszczystego podłoża. upright=1.25|mały|prawo|Zarośnięta południowa część Pustyni Błędowskiej widziana ze wzgórza Czubatka. W tle zarys Huty Katowice w Dąbrowie Górniczej; nieco po prawej kościół w Dąbrowie Górniczej-Błędowie
Początek XXI wieku – przywrócenie pustynnego krajobrazu Obecnie podejmuje się działania mające na celu uchronienie tego unikalnego obszaru poprzez karczowanie sukcesywnie zarastających drzewWp.pl „Polskiej Saharze” grozi zagłada.. W 2010 roku rozpoczął się program „Ochrona mozaiki siedlisk przyrodniczych w zlewni rzeki Białej Przemszy” realizowany przez Zespół Parków Krajobrazowych Województwa Śląskiego.
Obszar pustyni był objęty programem ochrony Life+ na Pustyni Błędowskiej, którego realizacja trwała do 30 listopada 2014 roku. Celem projektu było osiągnięcie właściwego stanu ochrony największego w Polsce kompleksu dwóch napiaskowych siedlisk przyrodniczych: ciepłolubnych muraw i wydm śródlądowych.