Columbia stała się, jak ją opisał Nick Cowen w The Guardian, „rodzajem wędrującego demona przenoszącego się z miejsca na miejsce i narzucającego swoją wolę ludziom mieszkającym na ziemi” („a kind of roaming boogie man moving from place to place and imposing its will on people below”).
Na skutek izolacji miasta między różnymi frakcjami i mieszkańcami chcącymi przejąć władzę wybuchła wojna domowa. W czasie rozpoczęcia akcji gry pozostały już tylko dwie walczące ze sobą frakcje. Jedna grupa to Założyciele () – pozostałości z grupy zachowującej kontrolę nad miastem, pod przywództwem Zachary’ego Hale’a Comstocka. Frakcja ma na celu zachowanie Columbii jako miasta przeznaczonego wyłącznie dla białych Amerykanów, odmawiając praw obcokrajowcom i czarnoskórym. Drugą grupą jest Vox Populi pod dowództwem Daisy Fitzroy. Stanowi całkowite przeciwieństwo Założycieli. Grupa złożona jest z różnych osób o podobnych poglądach, dążących do przywrócenia pełnych praw wszystkim mieszkańcom. Jednak lata walki spowodowały, iż Vox Populi zaślepione nienawiścią zaczęło stosować niezwykle brutalne metody prowadzące do wewnętrznych podziałów.