Prace Fliessa wywarły wielki wpływ na Freuda, który po lekturze jednego z jego artykułów zauważa: „Pierwsze wrażenie: podziw, że istnieje jeszcze ktoś, kto jest większym fantastą ode mnie i że tym kimś jest właśnie mój przyjaciel Wilhelm”.
To właśnie Fliess stworzył na przykład teorię okresu utajenia, która później stała się częścią teorii psychoanalitycznej (służąc jako określenie fazy rozwoju charakteryzującej się mniejszą aktywnością seksualną – fazy pomiędzy upadkiem kompleksu Edypa w wieku pięciu-sześciu lat i początkiem dojrzewania). Freud uważał, że Fliess był autorem fundamentalnego odkrycia biologicznego dotyczącego roli, jaką w życiu ludzkim odgrywa periodyczność (28 dni w wypadku kobiety, 23 dni w wypadku mężczyzny).
W 1904 roku Freud dyskutował ulubioną ideę Fliessa o różnorodnej roli, jaką biseksualność odgrywa w życiu ludzkim (na przykład fakt, że sfeminizowani mężczyźni fascynują zmaskulinizowane kobiety i odwrotnie) w trakcie terapii pewnego pacjenta. Pacjent ów, Hermann Swoboda, przekazał tę ideę swemu przyjacielowi Otto Weiningerowi, który – według Freuda – stuknął się w czoło i pobiegł do domu, by napisać o tym książkę.