Nabożeństwa odprawiane są w niedziele. W ich trakcie udziela się sakramentów oraz udziela błogosławieństw z okazji: konfirmacji, zaręczyn, ślubów i jubileuszy ślubnych. Zewnętrzny charakter nabożeństwa jest skromny, ale uroczysty. Zebrani śpiewają najpierw pieśń, a potem odmawiają specjalnie na dany dzień wybraną modlitwę. Następnie głos zabiera kaznodzieja, który odczytuje wyjątki z Biblii i objaśnia je zgromadzonym. W kazaniu zwiastowana jest Ewangelia. Kulminacyjnymi punktami nabożeństwa są modlitwa Ojcze Nasz, zmawiana wspólnie przez cały zbór, odpuszczenie grzechów i uroczystość świętej wieczerzy.
Kościół uznaje trzy sakramenty: chrzest wodny, święte pieczętowanie oraz świętą wieczerzę. Dla Kościoła Nowoapostolskiego chrzest nie jest jednoznaczny z całkowitym przyjęciem do Kościoła. Dopiero w łączności z nowoapostolskim sakramentem pieczętowania udzielanym przez apostoła wierzący osiąga powtórne narodzenie z wody i Ducha Świętego. Komunia święta jest udzielana pod dwiema postaciami: chleba i wina.