W 1406 roku biskup warmiński Henryk Vogelsang dokonał rekoncyliacji przykościelnego cmentarza, zbezczeszczonego z powodu zamordowania człowieka w jego obrębie. Zebrano wówczas olbrzymią kwotę: 23 grzywien, skojców i fenigów (ówczesna wartość ok. 23 tys. cegieł). Pieniądze te zostały przeznaczone na rozbudowę kościoła macierzystego św. Mikołaja. 9 lat później, 16 października 1415 biskup sufragan warmiński poświęcił na nowo kościół i cmentarz, które zostały zbezczeszczone podobno w czasie napadu Polaków i Litwinów. Po następnych 9 latach ponownie poświęcano cmentarz i świątynię. Prawdopodobnie w wyniku reformacji kościół przeszedł w ręce ewangelików.
Kościół św. Jakuba został rozebrany w 1601 roku z powodu budowy nowej Bramy Kowalskiej i bastionu Kowalskiego. Bramę wysunięto i posadowiono przy prawym rogu nowego bastionu. Przykościelny cmentarz został zlikwidowany, a groby zostały przeniesione na cmentarz przy kościele Bożego Ciała.