Lata 1991–2000 Początek lat dziewięćdziesiątych to dla firmy „Kotlin” czas dalszych przemian. Zmiana orientacji przedsiębiorstwa z produkcyjnej na rynkową, a także prywatyzacja w maju 1997 r. Zakładów Przemysłu Owocowo-Warzywnego „Kotlin”, które zmieniły nazwę na Kotlin Sp. z o.o., umocniła pozycję przedsiębiorstwa na polskim rynku. Wówczas zakład należał do norweskiego koncernu Orkla.
Lata 2001–2016 W lipcu 2009 większościowy pakiet udziałów w Spółce Kotlin Sp. z o.o. nabyła Agros Nova Sp. z o.o. z siedzibą w Warszawie, stając się właścicielem Zakładu Produkcyjnego, receptur wszystkich produktów oraz znaków towarowych Kotlin.
W lutym 2011 roku Agros Nova Sp. z o.o. sprzedała zakład produkcyjny, którego nowymi właścicielami zostali Krzysztof oraz Piotr Grzegorczyk, prowadząc go pod firmą Zakład Przetwórstwa Owocowo Warzywnego Kotlin Sp. z o.o.
W 2015 r. Grupa Maspex Wadowice sfinalizowała transakcję zakupu wybranych aktywów spółki Agros Nova z dwoma zakładami w Łowiczu i Wąsoszu oraz marek: Łowicz, Krakus, Kotlin, Włocławek, Fruktus, Tarczyn, DrWitt.