W tym samym miesiącu został przydzielony do Inspektoratu Armii w Toruniu, w charakterze oficera odcinkowego z zadaniem opracowania planu użycia lotnictwa i obrony przeciwlotniczej Armii „Pomorze”. 26 kwietnia 1939 został prezesem Aeroklubu Rzeczypospolitej Polskiej. W sierpniu 1939, w czasie mobilizacji alarmowej objął stanowisko szefa sztabu w Dowództwie Lotnictwa i OPL Armii „Pomorze” i pełnił je w czasie kampanii wrześniowejJerzy Konieczny, Tadeusz Malinowski (Mała encyklopedia ..., s. 163) "w sierpniu 1939 wyjechał do Rumunii jako zastępca attaché lotniczego". Przeczą temu inni autorzy. Tadeusz Rolski (Uwaga, wszystkie samoloty!, s. 52-54) opisuje przebieg odprawy z ppłk Skarżyńskim w dniu 6 września 1939 na lotnisku polowym Folbórz..
W sierpniu 1939 został skierowany do Rumunii jako zastępca attaché lotniczego, gdzie organizował przerzuty polskich lotników do Francji. Następnie w 1940 sam się tam przedostał i brał udział w organizacji lotnictwa polskiego. Po upadku Francji kierował ewakuacją polskich pilotów z Saint-Jean-de-Luz do Wielkiej Brytanii, gdzie został mianowany komendantem Polskich Szkół Pilotów w Hucknall i następnie w Newton. Otrzymał numer służbowy RAF P-1252.