Bardziej kontrowersyjna wydaje się kwestia doboru regimentu przy kontynuacji leczenia MRSA w warunkach ambulatoryjnych; używane są do tego, wybierane raczej arbitralnie, ko-trimoksazol, klindamycyna oraz pochodne tetracykliny.
Z powodu znacznych odczuć bólowych u pacjentów ze zdiagnozowanym zapaleniem kości i szpiku w leczeniu zachowawczym stosuje się również środki przeciwbólowe z grupy niesteroidowych leków przeciwzapalnych (NLPZ).
Optymalny czas prowadzenia farmakoterapii nie jest znany z powodu braku prospektywnych badań klinicznych z udziałem wystarczająco dużej liczby pacjentów. Wielu specjalistów prowadzi ją przez okres 4–6 tygodni, gdyż tyle trwa przywrócenie ukrwienia w opracowanej chirurgicznie ranie. Po wypisaniu ze szpitala przyjmowanie lekarstw drogą pozajelitową jest możliwe dzięki zastosowaniu wkłucia centralnego typu PICC (ang. peripherally inserted central catheter).