Nowy gatunek opisał w 1888 roku Heude, nadając mu nazwę Sus cebifrons. Nazwy tej używa się także obecnie. Jako miejsce typowe autor wskazał wyspę Cebu na Filipinach. Lektotyp wyznaczono w 2001 roku, jest nim czaszka dorosłego samca bez kłów i górnego siekacza (sygnatura BIZ NS 4a) ze zbiorów Beijing Institute of Zoology, przy Chińskiej Akademii Nauk; okaz został zebrany przez S. Faurę. Podgatunek negrinus formalnie opisał w 1952 roku amerykański teriolog Colin Campbell Sanborn. Miejsce typowe to Pagyabunan, Bais, wyspa Negros, Filipiny. Holotyp to skóra i czaszka dorosłego samca (sygnatura FMNH Mammals 66324) ze zbiorów Muzeum Historii Naturalnej w Chicago; okaz zebrał 3 maja 1949 roku filipiński zoolog Dioscoro Siarot Rabor. Późniejsi autorzy nie zawsze przyznawali jednak świni wisajskiej status odrębnego gatunku. Uznawano go za podgatunek innych Warty Pigs, świni celebeskiej, filipińskiej bądź brodawkowatej, uznając odrębność dopiero w 1997 roku. Niekiedy zaliczano go do grupy gatunków tej ostatniej. Badania kraniometryczne lokowały świnię wisajską jako takson siostrzany świni celebeskiej kladu złożonego ze świń celebeskiej i samotnej. Jednakże badania filogenetyczne wsparły status świni wisajskiej nie tylko jako odrębnego gatunku, ale też najbardziej oddalonego od innych Warty Pigs.