Zniszczenia, dzięki skromnym zasobom pieniężnym, udało się odbudować w nieco ponad półtora roku – sprowadzono nowy obraz oraz odrestaurowano kapitularz, chór, a także wzniesiono trzy nowe ołtarze.
Budowa murowanej świątyni Zakonnicy, mając na uwadze niebezpieczeństwo kolejnych pożarów, zdecydowali o budowie klasztoru murowanego. Około roku 1760 rozpoczęto prace, które z przerwami trwały do 1781 roku. Problemem był głównie brak funduszy. Z pomocą kamedułom bieniszewskim przyszedł bogaty klasztor w Wigrach nad jeziorem Wigry. Przekazał on 130 tysięcy złotych dla Bieniszewa. Autorem projektu klasztoru był nieznany architekt włoski. Malowidła w zakrystii i kapitularzu są dziełami Joannesa Petriego.
Rozbiory Polski i kasata klasztoru Koniec wieku XVIII był czasem upadku potęgi Polski zwieńczonym trzema rozbiorami. Zaborcy konsekwentnie niszczyli przejawy polskości oraz likwidowali kościoły i zakony. Skasowano również erem w Bieniszewie. Rosjanie przekazali własności klasztoru pod zarząd proboszcza parafii w Kazimierzu Biskupim, który w ciągu roku odprawiał w Bieniszewie msze święte. Z trudem wybudowany kościół popadał w ruinę – dachy przeciekały, na ścianach pojawiła się wilgoć.