struktura zespołów pasożytniczych w różnych ekosystemach, z uwzględnieniem czynników antropopresyjnych; rejestracja pasożytów występujących u różnych grup zwierząt wolno żyjących;
Badania nad fizjologią układu pasożyt-żywiciel fizjologiczne uwarunkowania inwazji pasożytów; wzajemne oddziaływanie organizmów w układzie pasożyt-żywiciel; reakcje obronne żywiciela w chorobach pasożytniczych;
Badania nad epizootiologią i zwalczaniem chorób pasożytniczych zwierząt dynamika występowania pasożytów u zwierząt użytkowych; wpływ warunków hodowlanych na rozprzestrzenianie się chorób pasożytniczych; poszukiwanie nowych ras zwierząt gospodarskich odpornych na choroby pasożytnicze; skuteczność leków przeciwpasożytniczych; diagnostyka molekularna i immunodiagnostyka chorób pasożytniczych; opracowywanie szczepionek przeciw pasożytom.
Struktura Instytut dzieli się na trzy zakłady, z których każdy dzieli się na trzy pracownie. Są to:
Zakład Różnorodności Biologicznej Pasożytów Pracownia Biologii Rozwoju i Rozmnażania Pasożytów Pracownia Biologii, Systematyki i Zoogeografii Helmintów Pracownia Jednokomórkowych Pasożytów