W kampanii wrześniowej walczył jako dowódca 9. baterii. Przeszedł szlak bojowy Armii „Karpaty”, od linii Wisłoki, do Lwowa, gdzie 22 września dostał się do niewoli niemieckiej. Po trzech dniach zbiegł i w październiku zjawił się w Myślenicach, gdzie ukrywał się jako nieujawniony oficer. W tym czasie związał się z Narodową Organizacją Wojskową (NOW), pod pseudonimem „Szałas” działając w sztabie Komendy Powiatowej w Myślenicach. W maju 1942 roku mianowano go zastępcą komendanta Podokręgu Kraków-Miasto, w lipcu, po aresztowaniu dotychczasowego komendanta, majora Szweda, ps. „Horawski”, przejął jego obowiązki, od października będąc formalnie nowym komendantem. Pod jego dowództwem przeprowadzono od listopada 1942 roku akcję scaleniową z Armią Krajową.

Awansowany w listopadzie 1943 roku do stopnia majora, został dowódcą Obwodu Nowy Targ Inspektoratu AK Nowy Sącz, zastępując zdekonspirowanego porucznika Krystyna Więckowskiego „Zawiszę”. Przyjął wówczas pseudonim „Borowy”. Jego głównym zadaniem było tworzenie silnych oddziałów partyzanckich, ich szkolenie i zaopatrzenie. Część uzbrojenia zdobyto dzięki akcjom na posterunki słowackiej straży granicznej.