Aleksiej Ridigier kontynuował naukę w Akademii Duchownej. W 1953 ukończył ją, uzyskując dyplom kandydata nauk teologicznych za pracę poświęconą metropolicie moskiewskiemu Filaretowi jako teologowi dogmatycznemu. Bohatera swojej pracy przyszły patriarcha uważał za wzór służby biskupiej.
W lipcu 1957 ks. Ridigier został przeniesiony z parafii w Jõhvi do służby w soborze Zaśnięcia Matki Bożej w Tartu; przeprowadził remont tejże świątyni. W sierpniu 1958 otrzymał godność protoprezbitera, zaś w marcu 1959 został mianowany dziekanem dekanatu Tartu-Viljandi. Podjął również prace nad zbieraniem materiałów do planowanej rozprawy doktorskiej, którą chciał poświęcić dziejom prawosławia w Estonii.
W 1959 zmarła matka przyszłego patriarchy. Po tym wydarzeniu ks. Ridigier podjął ostateczną decyzję o złożeniu wieczystych ślubów mniszych, co rozważał już wcześniej. 3 marca 1961 w Ławrze Troicko-Siergijewskiej został postrzyżony na mnicha. Jego imię zakonne – Aleksy, na cześć św. metropolity kijowskiego – zostało wybrane drogą losowania (drugą możliwością było imię Sergiusz na cześć św. Sergiusza z Radoneża). Po tym wydarzeniu wrócił do Estonii i nadal służył w Tartu. Jednak jeszcze w tym samym roku poznał metropolitę krutickiego i kołomieńskiego Mikołaja, kierującego Wydziałem Zewnętrznych Stosunków Cerkiewnych Patriarchatu Moskiewskiego.