Od końca 1943 działał równocześnie w Ekspozyturze Urzędu Śledczego Państwowego Korpusu Bezpieczeństwa (kryptonim „Start”). Kierował sekretariatem „Startu”, odpowiadał za lokale konspiracyjne i sieć łączności. Ukończył kurs oficerski służby śledczej. W trakcie powstania warszawskiego walczył w szeregach plutonu 219 IV Batalion OW PPS, który wszedł do Zgrupowania „Żyrafa”. 1 sierpnia zginął jego brat kpr pchor. Jan Czystowski „Stary II”, walczący w szeregach plutonu 220 batalionu OW PPS. Po kapitulacji powstania trafił do niewoli, przebywał w Stalagu XI A AltengrabowMieczysław Czystowski w bazie straty.pl. Po wyzwoleniu obozu wstąpił do Polskich Sił Zbrojnych. We wrześniu 1945 rozpoczął studia medyczne na Katolickim Uniwersytecie w Lowanium, rok później przeniósł się na Uniwersytet w Lille. Działał w emigracyjnych strukturach PPS w Belgii i Francji, należał też do Francuskiej Sekcji Międzynarodówki Robotniczej. W 1946 poznał podczas spotkań zmierzających do odbudowy Socjalistycznej Młodzieżówki Młodzieży Helmuta Schmidta, z którym się zaprzyjaźnił. W lutym 1948 powrócił do Polski, pracował początkowo jako tłumacz w piśmie "Świat i Polska", wstąpił do PPS i od maja do lipca 1948 był sekretarzem redakcji pisma "Płomienie". Po jego likwidacji pracował jako dziennikarz „Robotnika” i „Trybuny Ludu”.