W skład biblioteki weszły również zasoby Biblioteki Zygmunta Augusta (165 woluminów). Obok biblioteki powstała drukarnia, która zasilała zbiory drukarni.
Najstarszym zachowanym katalogiem jest ten z 1675 roku spisany przez profesora Andrzeja Krobskiego. W 1668 roku księgozbiór uległ reorganizacji i został ułożony według schematu scholastycznego. Wyodrębniono w nim wówczas dziewięć działów: Teologii, Prawa, Medycyny, Filozofii, Historii, Retoryki, Matematyki i Poetyki (wraz z Gramatyką). Ostatni dział zwany Działem ksiąg egzotycznych (Libri exotici) zawierał pozostałe księgi niepasujące do wyodrębnionych działów, np. słowniki. Trzeci spis zasobów i jej uporządkowanie dokonał rektor Akademii Bazyli Rudomicz, w latach 1669-1670.
Na początku XIX wieku biblioteka posiadała ok. 9000 woluminów w tym wiele rękopisów łacińskich i greckich, pisma prawnicze, teologiczne, księgi heretyckie oraz kroniki m.in. Kronika Galla Anonima. W 1784 roku wraz z zamknięciem szkoły zamknięto również bibliotekę. Jej zbiory zostały przeniesione do powstałego Liceum Zamoyskiego. W 1811 roku kilka tysięcy woluminów zostało przekazanych do Biblioteki Ordynacji Zamojskiej w Warszawie a pozostałe książki do Biblioteki im.