W 2000 roku przeformowano pułki lotnicze w eskadry i bazy lotnicze. Zgodnie z rozkazem Dowódcy WLOP z 28.11.2000 r. rozformowano: 3 Pułk Lotnictwa Myśliwskiego w Poznaniu, 10 Pułk Lotnictwa Myśliwskiego w Łasku, 13 Pułk Lotnictwa Transportowego w Krakowie i 8 Pułk Zabezpieczenia w Poznaniu. W ich miejsce sformowano: 3 eskadrę lotnictwa taktycznego w Poznaniu; 10 eskadrę lotnictwa taktycznego w Łasku, które podporządkowano 2. Brygadzie Lotnictwa Taktycznego w Poznaniu oraz 13 eskadrę lotnictwa transportowego w Krakowie, 8 Bazę Lotniczą w Krakowie, 31 Bazę Lotniczą w Poznaniu i 32 Bazę Lotniczą w Łasku.
Korpus został rozformowany w 2007 r.
Struktura organizacyjna 1957 Dowództwo 3 Korpusu Obrony Przeciwlotniczej Obszaru Kraju – Wrocław 3 Pułk Lotnictwa Myśliwskiego – Wrocław (od 1967 przemianowany na 11 Pułk Lotnictwa Myśliwskiego) 38 Pułk Lotnictwa Myśliwskiego – Powidz 45 Pułk Lotnictwa Myśliwskiego – Babimost 62 Pułk Lotnictwa Myśliwskiego – Poznań 14 Samodzielny Pułk Artylerii OPL – Poznań 98 Samodzielny Pułk Artylerii OPL – Wrocław 18 Samodzielny batalion radiotechniczny – Poznań 22 Samodzielny batalion radiotechniczny – Wrocław 6 Baza zaopatrzenia technicznego – Kalisz.