13 Krakowska Eskadra Lotnictwa Transportowego im. ppłk. Stanisława Jakuba Skarżyńskiego (13 eltr) – pododdział lotnictwa transportowego Sił Powietrznych.
Historia eskadry Na podstawie rozkazu Nr 307 szefa Sztabu Generalnego Wojska Polskiego z 23 października 2000 roku 13 Pułk Lotnictwa Transportowego stacjonujący na lotnisku Kraków-Balice został przeformowany, w terminie do 31 grudnia 2000 roku, w 13 Eskadrę Lotnictwa Transportowego. Zadaniem eskadry było wykonywanie lotów dyspozycyjnych i transportowych dla wszystkich rodzajów wojsk.
31 marca 2004 Minister Obrony Narodowej nadał eskadrze nazwę wyróżniającą „Krakowska”Decyzja Nr 83/MON Ministra Obrony Narodowej z dnia 31 marca 2004 w sprawie nadania nazwy wyróżniającej 13 Eskadrze Lotnictwa Transportowego im. ppłk. pil. Stanisława Jakuba Skarżyńskiego w Krakowie (Dziennik Urzędowy MON z dnia 21 kwietnia 2004 r. Nr 4, poz. 36)..
Na podstawie decyzji Nr Z-67/Org./P-1 Ministra Obrony Narodowej z 22 września 2006 roku eskadra została włączona w skład 3 Korpusu Obrony Powietrznej.
Na podstawie decyzji Nr Pf-51/Org.